Estudo explora o surgimento e a disseminação da variante Delta do SARS-CoV-2 em todo o Brasil

Em outubro de 2020, o primeiro caso da síndrome respiratória aguda grave coronavírus 2 (SARS-CoV-2) variante Delta de preocupação (VOC) foi identificado na Índia. Em julho de 2022, a variante Delta era a linhagem SARS-CoV-2 mais representada no perfil pandêmico global da doença coronavírus 2019 (COVID-19).

O Brasil relatou seu primeiro caso de COVID-19 no final de fevereiro de 2020 e a variante Delta foi identificada em abril de 2022 na região sul, que posteriormente se espalhou para diferentes regiões do Brasil. Uma vez que estudos anteriores da variante Delta no Brasil enfocam o Rio de Janeiro e São Paulo, que são os estados mais populosos do país, as informações sobre a dinâmica de disseminação da variante Delta em outros estados brasileiros são inadequadas.

Estude: Surgimento e disseminação da variante SARS-CoV-2 do delta de preocupação entre diferentes regiões brasileiras. Crédito de imagem: 3dartistav / Shutterstock.com

Sobre o estudo

Em um estudo de pré-impressão publicado no medRxiv * servidor de pré-impressão, pesquisadores brasileiros tiveram como objetivo determinar o surgimento e a disseminação do Delta VOC em diferentes regiões do Brasil. Os dados relativos aos genomas VOC Delta da rede de Vigilância Genômica COVID-19 da Fiocruz foram usados ​​para analisar seu perfil filogenético e determinar suas principais rotas de disseminação em 20 estados brasileiros.

Uma combinação de métodos de máxima verossimilhança (ML) e Bayesianos foi implicada para analisar o perfil filogenético de 2.264 sequências Delta do Brasil e um subconjunto de 591 sequências não brasileiras.

Divulgação dos principais clusters de VOC Delta em diferentes regiões do Brasil

O presente estudo identificou três grupos principais de transmissão, que foram identificados como Brasileiro-I (BR-I) (n = 1.560), BR-II (n = 207) e BR-III (n = 497) da variante Delta no Brasil devido a eventos do fundador. BR-I foi o maior aglomerado da variante Delta encontrado no estado do Rio de Janério, no sudeste do país, no final de abril de 2022 e foi identificado como o principal responsável pela disseminação da variante Delta nas regiões norte, nordeste e centro-oeste regiões do Brasil. O cluster BR-I também foi encontrado em duas regiões do Sul, a saber, Rio Grande do Sul e Santa Catarina.

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A BR-II foi identificada no estado do Paraná no final de abril de 2022 e é conhecida por ser o principal centro de expansão da variante Delta no sul do Brasil. O sequenciamento genômico de BR-II encontrou três genes de ORF1a: A3070V, S: T95I e ORFa: A23V, entre os quais ORF3a: A23V foi encontrado para ser significativamente diferente em relação a outros grandes clusters brasileiros e sequências estrangeiras.

A mutação em ORF3a: A23V é um marcador distinto encontrado em todas as sequências dentro do agrupamento BR-II e atua como uma sinapomorfia molecular. Esse gene é um transportador de íons de 275 aminoácidos que, após sua regulação positiva, aumenta a secreção de fibrinogênio que está ligada à tempestade de citocinas COVID-19.

BR-III é o cluster emergido mais recentemente entre os três clusters Delta encontrados no Brasil e foi encontrado no estado de São Paulo no início de junho de 2022. A disseminação do cluster BR-III em outros estados foi limitada e, portanto, estava confinada principalmente ao estado de São Paulo . Os genomas BR-III exibiram uma sinapomorfia molecular, ORF9b: R32L, que se localiza na membrana mitocondrial e inibe a secreção de interferon-1 (IFN-1).

A maioria das sequências Delta amostradas nas regiões sudeste e sul foram subdivididas em conglomerados brasileiros. A região norte apresentou o nível mais baixo de clusterização entre as amostras de quatro a seis regiões e foi a menos representada no conjunto de dados Delta nacional.

O Amazonas possuía o maior cluster Delta e era o estado mais representado na região Norte. A região Nordeste do Brasil abrigou amostras de oito estados, nos quais a Paraíba apresentou o maior aglomerado do Delta, seguida pelo Ceará e Pernambuco. O nível de clusterização observado nas regiões Norte e Nordeste foi semelhante em 36%, apesar de um maior número de sequências na região Nordeste em comparação com a região Norte.

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Conclusões e limitações

Os resultados do estudo retrataram diferentes estágios de maturidade na epidemia de Delta no Brasil. Os clusters BR-I, BR-II e BR-III contribuem para a maioria das sequências Delta. Portanto, a supressão dos clusters de transmissão na fase inicial indica a eficácia das medidas preventivas implementadas no Brasil para prevenir a transmissão viral.

O presente estudo foi limitado pela falta de metadados mais robustos e amostragem inadequada em alguns estados brasileiros. As variantes Delta também são suscetíveis a vacinas; portanto, informações sobre a situação vacinal podem ter fornecido clareza sobre os fatores potenciais responsáveis ​​pelo desenvolvimento de clusters locais no Brasil.

Estudos mais vigorosos devem ser conduzidos para determinar o caminho de disseminação e identificação de novos clusters e os fatores que afetam a supressão em um estágio inicial. Isso poderia ajudar a identificar e mitigar a introdução de novas variantes e limitar ainda mais sua disseminação para prevenir surtos mais significativos no futuro.

*Notícia importante

medRxiv publica relatórios científicos preliminares que não são revisados ​​por pares e, portanto, não devem ser considerados conclusivos, orientar a prática clínica / comportamento relacionado à saúde ou tratados como informações estabelecidas.

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